上海申花在亚冠联赛上的最好战绩是2006年的八强，14决赛两回合34被全北现代淘汰。
3月11日晚上8点，上海申花将迎战新加坡军团紧接着，3月11日下午7点，水原三星与鹿岛鹿角将展开对决3月18日下午6点，鹿岛鹿角将对阵上海申花同一天，新加坡军团与水原三星的比赛时间待定4月7日晚上8点，上海申花将与水原三星交锋同样在这一天，新加坡军团与鹿岛鹿角的比赛时间尚未确定4月22。
因为中超在亚冠席位是“3+1”中超联赛前两位参加亚冠正赛，第3参加亚冠1轮资格赛而足协杯冠军就可以直通亚冠正赛足协杯上，其上海申花31击败山东鲁能，进军亚冠如果足协杯冠军是中超前三，那么第4位参加资格赛上海。
与珀斯光荣的交锋，上海申花遗憾地以一场平局收场只拿到1分的申花，形势变得十分危急，最后一轮即便是击败蔚山现代，也不能确保出线，主动权完全掌握在FC东京手上这场比赛结束之后，不少球迷担心珀斯光荣会放水，这将导致申花的局势更糟糕至少从现在看来，这种担忧显得有点多余珀斯光荣主帅理查德·。
2006年的亚冠联赛中，上海申花取得了他们迄今为止的最佳战绩，成功闯入了八强阶段然而，他们在接下来的14决赛中遭遇了强劲对手全北现代在两回合的比赛中，申花展现了顽强的斗志，但最终以总比分34憾负于对手，遗憾止步那一年，申花在国内赛场同样表现出色，但在国际赛场上，他们面对的是更为激烈。
这说明什么一直以来，中超球队在亚冠，被认为是外援的球队本土球员的实力，限制了球队的成绩这两场比赛下来，本土球员无疑打了一场漂亮的翻身仗而李圣龙的第二个进球，则是在胡尔克洛佩斯都下场之后，上港仅有穆伊一名外援打进的本土球员，真如大家想象中的那么不堪吗本赛季，上海申花的“。
中超球队方面，上海申花山东泰山和上海海港也展现了不俗的实力上海申花在本轮比赛中顺利取胜，目前积6分排名第四，形势相对较好山东泰山在对阵横滨水手的比赛中绝平对手，惊险拿到1分，与海港同积4分虽然山东泰山和上海海港目前的排名相对靠后，但他们在后续比赛中仍有机会提升排名，尤其是山东泰。
2003年，亚冠联赛启动，中国俱乐部球队即展现竞争力大连实德在小组赛中以31击败城南一和，成功晋级四强尽管在半决赛首回合以24不敌对手，但在8月30日的半决赛次回合中，他们以43战胜阿联酋的阿尔艾因，以总比分67的微弱劣势，遗憾地错过了决赛同年的上海申花在小组赛中取得1胜0平2负的。
4月3日，上海申花在亚冠小组赛第五轮的比赛中，主场22战平鹿岛鹿角，申花4平1负积4分排名小组末位，由于小组第二的水原三星此役后领先申花3分且相互战绩占优，因此申花提前一轮小组出局以申花的阵容深度，小组赛取得4平1负的成绩也算不错板凳。
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